“Hampir ulama besar di Madura dan Jawa
adalah murid Kiai Kholil. Selain itu,murid Kiai Kholil rata-rata berumur
panjang, banyak diatas 100 tahun. Berikut ini sebagian murid Kiai Kholil yang
mudah dikenal saat ini :
1. KH. Hasyim Asy’ari : Pendiri,
pengasuh Pondok Pesantren Tebu Ireng Jombang.
2. KHR. As’ad Syamsul Arifin : Pengasuh
PP Salafiyah Syafi’iyah,Sukorejo Asembagus, Situbondo.
3. KH. Wahab Hasbullah: Pendiri, Pengasuh
Pondok Pesantren Tambak Beras Jombang. Pernah menjabat sebagai Rais Aam NU
(1947 – 1971).
4. KH. Bisri Syamsuri: Pendiri, Pengasuh
Pondok Pesantren Denanyar, Jombang.
5. KH. Maksum : Pendiri, Pengasuh Pondok
Pesantren Rembang, Jawa Tengah
6. KH. Bisri Mustofa : Pendiri, Pengasuh
Pondok Pesantren Rembang,
7. KH. Muhammad Siddiq : Pendiri,
Pengasuh Pesantren Siddiqiyah, Jember.
8. KH. Muhammad Hasan Genggong :
9. KH. Zaini Mun’im : Pendiri, Pengasuh
Pesantren Nurul Jadid, Paiton,Probolinggo.
10. KH. Abdullah Mubarok :
